Biskup Antun Mandić 6. studenog 1806. osniva Bogoslovno sjemenište i Lyceum episcopale u Đakovu, čime započinje institucionalno obrazovanje budućih svećenika u ovom dijelu Hrvatske. Ova godina označava početak bogate tradicije filozofsko-teoloških studija u Đakovu.

Der Abriss des alten Seminargebäudes begann zusammen mit dem Bau einer neuen Bibliothek und eines neuen Seminargebäudes, das 1914 fertiggestellt wurde. Dieses Gebäude blieb bis 2003 der zentrale Standort der Bibliothekstätigkeiten.

Durch die Apostolische Konstitution Deus scientiarum Dominus erhielt die Schule in Đakovo den Titel „Theologische Schule“, und das Programm wurde auf fünf Jahre verlängert. Dadurch wurde der akademische Charakter und die Anerkennung der theologischen Institution gestärkt.

Die Theologiestudien in Đakovo begannen sich an den neuen kirchlichen Richtlinien auszurichten. In den Lehrplan wurden Reformen eingeführt, die die aktive Teilnahme der Studierenden und die Modernisierung des Unterrichts betonten.

Die Satzung der Katholisch-Theologischen Fakultät in Zagreb diente als Grundlage für die Regelung des Funktionierens der Theologischen Schule in Đakovo. Dies stärkte die akademische Angleichung und die organisatorische Struktur.

Am 10. Januar 1987 bestätigte die Kongregation für das Katholische Bildungswesen den affiliierten Status der Höheren Theologischen Schule in Đakovo bei der Katholisch-Theologischen Fakultät in Zagreb und integrierte damit die Schule in das Universitätsnetzwerk.

Das Gebäude von 1857 (St. Bonaventura) wurde an die Bedürfnisse des Lehrbetriebs angepasst. Die Theologische Schule erhielt den Namen: „Theologie in Đakovo – Affiliiertes Studienprogramm der Katholisch-Theologischen Fakultät in Zagreb.“

Am 15. April 1996 gründete Bischof Ćiril Kos die Zentraldiözesanbibliothek, die wertvolle historische Sammlungen integrierte und zur Grundlage für eine zukünftige moderne wissenschaftliche Bibliothek wurde.

Im Juni 1997 begann der Bau und die Ausstattung der neuen Bibliothek mit dem Ziel, moderne Bedingungen für Studierende und Professoren zu schaffen sowie die wertvolle Bibliothekssammlung unterzubringen.

Am 28. Februar 2000 trat die Satzung der Theologie in Đakovo in Kraft, in Übereinstimmung mit der Gesetzgebung der Republik Kroatien, wodurch der akademische und administrative Status des Programms weiter geregelt wurde.

Am 7. November 2003 stellte der Đakovo-bosnische Bischof Marin Srakić bei der Kongregation für das Katholische Bildungswesen in Rom einen offiziellen Antrag auf die Errichtung einer eigenständigen Katholisch-Theologischen Fakultät in Đakovo.

Am 10. Mai 2005 segnete Bischof Marin Srakić das neue Bibliotheksgebäude. Die neue Einrichtung umfasst einen Lesesaal, Lagerräume und Arbeitsbereiche und wird noch heute genutzt.