Il 6 novembre 1806, il vescovo Antun Mandić fondò il Seminario Teologico e il Lyceum episcopale a Đakovo, avviando così la formazione istituzionale dei futuri sacerdoti in questa parte della Croazia. Questo anno segna l’inizio della ricca tradizione degli studi filosofico-teologici a Đakovo.

È iniziata la demolizione del vecchio edificio del Seminario insieme alla costruzione di una nuova biblioteca e di un nuovo edificio del seminario, completato nel 1914. Questo edificio è rimasto la sede centrale delle attività della biblioteca fino al 2003.

Con la Costituzione Apostolica Deus scientiarum Dominus, la scuola di Đakovo ha ricevuto il titolo di “Scuola di Teologia” e il programma è stato esteso a cinque anni. Ciò ha rafforzato il carattere accademico e il riconoscimento dell’istituzione teologica.

Gli studi teologici a Đakovo hanno iniziato ad allinearsi alle nuove direttive ecclesiastiche. Sono state introdotte riforme nel curriculum, con enfasi sulla partecipazione attiva degli studenti e sulla modernizzazione dell’insegnamento.

Lo Statuto della Facoltà Cattolica di Teologia di Zagabria è stato utilizzato come base per regolare il funzionamento della Scuola Teologica di Đakovo. Ciò ha rafforzato l’allineamento accademico e la struttura organizzativa.

Il 10 gennaio 1987, la Congregazione per l’Educazione Cattolica ha confermato lo status di affiliazione della Scuola Superiore di Teologia di Đakovo con la Facoltà Cattolica di Teologia di Zagabria, integrando così la scuola nella rete universitaria.

L’edificio del 1857 (San Bonaventura) è stato adattato alle esigenze del processo didattico. Alla Scuola Teologica è stato dato il nome: “Teologia a Đakovo – Programma di studio affiliato della Facoltà Cattolica di Teologia di Zagabria.”

Il 15 aprile 1996, il vescovo Ćiril Kos ha fondato la Biblioteca Centrale Diocesana, che ha integrato preziose collezioni storiche ed è diventata la base per una futura biblioteca scientifica moderna.

Nel giugno 1997 sono iniziati i lavori di costruzione e arredamento della nuova biblioteca, con l’obiettivo di offrire condizioni moderne agli studenti e ai professori, nonché di ospitare la preziosa collezione libraria.

Il 28 febbraio 2000 è entrato in vigore lo Statuto della Teologia di Đakovo, in conformità con la legislazione della Repubblica di Croazia, regolando ulteriormente lo status accademico e amministrativo del programma.

Il 7 novembre 2003, il vescovo di Đakovo-Bosnia, Marin Srakić, ha presentato una richiesta ufficiale alla Congregazione per l’Educazione Cattolica a Roma per l’istituzione di una Facoltà Cattolica di Teologia indipendente a Đakovo.

Il 10 maggio 2005, il vescovo Marin Srakić ha benedetto il nuovo edificio della biblioteca. La nuova struttura comprende una sala di lettura, aree di deposito e spazi di lavoro, ed è ancora in uso oggi.